Seine heutige Form verdankt die Landschaft rund um den Seealpsee unter anderem den Gletschern der letzten Eiszeiten. Mächtige Eismassen bewegten sich einst durch die Täler und hinterließen dabei deutliche Spuren in der Landschaft. Der See liegt in einem durch Gletscher geformten und übertieften Tal.
Mit einer Tiefe von rund 42 Metern ist der Seealpsee der tiefste See der Allgäuer Alpen. Aufgrund seiner besonderen geologischen Entstehung ist der Seealpsee als Geotop ausgewiesen. An ihm lässt sich besonders eindrucksvoll nachvollziehen, wie die Gletscher die Landschaft während der Eiszeiten geprägt und die heutigen Talformen geschaffen haben. Damit erzählt der Seealpsee gleichzeitig ein kleines Stück Erdgeschichte.

